In de middeleeuwen maakte het terrein van de kerk deel uit van een grafelijk gebied met een huis waarin o.a. Floris V is geboren. Later, in de gehele 16e eeuw, kwam dit bezit in particuliere handen van de familie van Lockhorst. Na de sloop van het huis en de verkaveling van het terrein kocht de Waterlandse Doopsgezinde Gemeente enige percelen, o.a. in 1613 en in 1638, waarna de bouw van de kerkzaal begon. Door de uitbreiding in 1648 bereikte de kerkzaal zijn huidige grootte. De kerk diende tot 1795 nog als schuilkerk.