Deze kerk is in 1477 gebouwd als St Jacobuskapel, ten behoeven van de pelgrims op weg naar Santiago de Compostela. In 1567 werd de kapel verkocht aan het stadsbestuur van Leiden, dat er eerst een graanschuur van maakte en later een hal voor het keuren van laken. Toen koning Lodewijk Bonaparte op 12 januari 1807 Leiden bezocht, om de gevolgen van de kruitramp te zien, beloofde hij de kerk aan de katholieken terug te geven. Uit dankbaarheid werd de kerk daarom naar zijn patroonheilige, Lodewijk IX van Frankrijk, genoemd. Het is de enige kerk in Nederland die naar Lodewijk is vernoemd. Het interieur is door de hofarchitect Guidici ontworpen in Regence-stijl.