De San Clemente is een van de oudste christelijke kerken van Rome, maar onder het straatniveau gaan resten van nog veel oudere gebouwen schuil. Ongeveer twintig meter diep zijn delen van huizen gevonden die uit de laatste eeuw van de Romeinse Republiek (500 - 27 v.Chr.) stammen en door de grote brand ten tijde van Keizer Nero moeten zijn verwoest. Bij de wederopbouw van Rome zijn deze huizen als fundering gebruikt voor de nieuwe huizen. In 1084 werd de kerk door de Noormannen verwoest. Paus Paschalis II liet een nieuwe kerk bouwen, die nu de bovenkerk wordt genoemd.